边界模糊、管理混乱：一卡通与其它业务系统之间的边界到底如何划分，迄今为止仍然不清楚，致使一些本来应该下放给业务部门的服务类业务，却上收到以结算管理为中心的卡务中心，而该上收的管理业务却下放到业务部门。
自成体系、难入流程：一卡通的管理功能如何整合主流的管理流程并未彻底解决，比如考勤模块与人力资源管理系统之间、会议签到模块与资产管理系统之间的流程并未打通。
架构复杂、维护困难、软件绑定：传统厂商采用分布式多数据库模式，导致多数据库之间的同步非常困难，经常导致帐务不平、造成严重的财务风险;另一些厂商照抄照搬金融领域技术，采用完全集中数据库模式，却没有考虑到企业网不是金融网、一卡通数据中心不是金融数据中心、信息办技术力量不是金融机构动则数百专业人员的事实，给系统管理维护、扩展带来意想不到的困难―――一系统一旦出现故障基本上只能厂商开发人员才能维护，形成了事实上的软件绑定，即用户绑定了软件厂商，丧失主动权。
彻底封闭、绑定厂商、绑定硬件：一些从“售饭卡”起家的硬件厂商，采用中低端技术、落后的技术架构、原始的设计理念，采用部分甚至完全封闭的卡片、POS、数据库技术，导致用户彻底绑定厂商、只能购买其指定的硬件，毫无主动性可言。
硬件分离、发挥短处、走向极端：另外一些厂商由于自身不具备嵌入式系统开发实力，希望通过外挂模式解决自身产品不完善的不足，由于嵌入式系统的特点―――软件嵌入硬件的一体化产品，决定了必须充分掌握硬件的技术特点，才可能充分发挥系统优点。
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